Tướng Nhật, Tsuchihashi, nghĩ rằng chỉ cần Việt Nam độc lập danh nghĩa hơn là thực chất, và chính phủ mới của Việt Nam phải được Nhật kiểm soát chặt chẽ[12]. Theo tác giả Daniel Grandcléme, thoạt đầu quan đại thần Phạm Quỳnh được chỉ định làm quyền Thủ tướng nhưng ông này quá thân Pháp, ngoài ra ông ta thấy ngay "nền độc lập" của Đế quốc Việt Nam có những giới hạn khắt khe giống như hồi còn chế độ bảo hộ Pháp: Không được tự chủ về ngoại giao, không có quân đội, không có độc lập tài chính... Do vậy, quân Nhật quyết định không bổ nhiệm Phạm Quỳnh và chọn một nhân vật ôn hoà hơn và gần gũi với Nhật Bản. Đó là nhà sử học Trần Trọng Kim, đang ở Singapore. Nhà vua Bảo Đại chẳng có vai trò gì trong việc chỉ định này.[13]

Ngày 17 tháng 3 năm 1945, ở các thôn ấp, lý trưởng được lệnh tập họp dân chúng mừng sự ra đời của Đế quốc Việt Nam tại các đình, nhưng không khí có vẻ rất ảm đạm:

“Cửa đình mở rộng, trước sân đình có cờ, chuông, trống, như ngày cúng Thần. Hội đồng xã chỉ lưa thưa có mấy ông. Dân chúng chẳng ai đến cả, trừ một số chức việc có phận sự trong làng. Đến giờ, chuông trống nổi dậy, hương xã làm lễ tế Thần. Lý trưởng đọc lời ‘tuyên cáo độc lập’. Y như một bài văn tế. Xong, chiêng trống tiếp tục và buổi lễ chấm dứt không đầy 30 phút. Không một tiếng vỗ tay. Không một lời hoan hô. Các ông làng xã, khăn đen áo dài khệ nệ như trong các đám cúng Thần theo nghi lễ cổ truyền, lặng lẽ đóng cửa đình sau khi dọn dẹp”[14]

Trong khi Bảo Đại tìm người lập nội các thì ngày 30/3/1945, trong một cuộc họp với công chức người Việt ở Long Xuyên, Toàn quyền Nhật Bản là Minoda nói thẳng bằng tiếng Pháp về bản chất sự "độc lập" của Đế quốc Việt Nam:

“

Có một sự hiểu lầm lớn về sự độc lập ở Đông Dương. Sự độc lập này là hoàn toàn ở dưới sự kiểm soát quân sự của Nhật Bản. Sự độc lập của đế chế Trung kỳ và cũng như của Cao Miên đã được tuyên bố. Nam kỳ chẳng những ở dưới sự kiểm soát quân sự mà còn dưới cả sự cai trị quân sự của Nhật Bản. Vậy thì không có sự độc lập của Nam kỳ[15]

”

Mới trình diện chừng 4 tháng, ngày 5 tháng 8, đồng loạt các thành viên nội các Trần Trọng Kim xin giải nhiệm: 3 bộ trưởng từ chức, Bộ trưởng Vũ Ngọc Anh mất vì trúng bom của không quân Mỹ. Các bộ trưởng khác tuyên bố bất lực, bởi không thể làm được việc gì nếu không được cố vấn tối cao Nhật đồng ý, trong khi hoàng đế vẫn chỉ lo ăn chơi, săn bắn mà không thực quan tâm đến chính trị. Ông Trần Trọng Kim đã cố gắng liên lạc với nhưng các nhân vật cấp tiến nhưng đều bị khước từ cộng tác, đến đầu tháng 8 thì chính Trần Trọng Kim cũng nản chí, nói mình bị "tăng huyết áp" và không ra khỏi nhà[16].

Nhà nghiên cứu Phạm Xuân Ba, nhận xét rằng "nền độc lập" Đế quốc Việt Nam chỉ là giả hiệu bởi những lý do sau[3]:

• Một nước độc lập phải có một Chính phủ được toàn dân tín nhiệm, có bộ máy Nội các đầy đủ, hoàn toàn độc lập. Chính phủ Trần Trọng Kim thì hoàn toàn không có quốc hội, không có hiến pháp, và cũng không được toàn dân ủng hộ. Chính phủ này cũng không có Bộ Quốc phòng, không có quân đội, không có Bộ Công an, việc giữ an ninh quốc gia, tuyên truyền do quân Nhật nắm giữ.
• Chính phủ Trần Trọng Kim đã để mặc (hoặc không dám ngăn cản) quân Nhật vơ vét lương thực của người dân, gây ra nạn đói kinh hoàng làm chết hơn 2 triệu người ở nhiều tỉnh miền Bắc.
• Câu nói cuối cùng trong bản Tuyên cáo là "Chính phủ Việt Nam một lòng tin cậy lòng thành ở Nhật Bản đế quốc, quyết chí hợp tác với nước Nhật, đem hết tài sản trong nước để cho đạt được mục đích như trên”, tự điều đó cho thấy chính phủ này phải lệ thuộc chặt chẽ vào Đế quốc Nhật Bản
• Ngày 25/8/1945, Bảo Đại đã đọc Tuyên ngôn Thoái vị trước hàng ngàn người tại Ngọ Môn, sau đó trao ấn tín cho đại diện Việt Minh là ông Trần Huy Liệu. Bảo Đại nói: “Trẫm muốn làm dân một nước độc lập, hơn làm Vua một nước bị trị”. Câu nói này chứng tỏ Bảo Đại thừa nhận trước đó nước Việt Nam chưa có được độc lập, và chính Bảo Đại đã “khai tử” bản Tuyên ngôn Độc lập giả hiệu mà ông phải đọc từ sức ép của đế quốc Nhật.

Sau này, trong hồi ký của mình, Trần Trọng Kim nhận xét về ý đồ của Nhật Bản như sau:

“

"Nhật Bản trước vốn là một nước đồng văn đồng hóa ở Á Đông, nhưng về sau đã theo Âu hóa, dùng những phương pháp quỷ quyệt để mở rộng chủ nghĩa đế quốc của họ, trước đã thôn tính Cao Ly và Mãn Châu, sau lại muốn xâm lược nước Tàu và các nước khác ở Á Đông đã bị người Âu châu chiếm giữ. Người Nhật tuy dùng khẩu hiệu "đồng minh cộng nhục" và lấy danh nghĩa "giải phóng các dân tộc bị hà hiếp" nhưng thâm ý là muốn thu hết quyền lợi về mình"[6]

”

Ngày nay, đa số các tài liệu lịch sử đều coi Đế quốc Việt Nam như một chính quyền bù nhìn do Đế quốc Nhật Bản dựng nên và không có thực quyền[17]. Nó được xếp chung với các chính phủ bù nhìn do Nhật thành lập tại các nước bị họ chiếm đóng trong thế chiến thứ 2 như Mãn Châu quốc, Chính phủ Uông Tinh Vệ, Mông Cương, Đệ nhị Cộng hòa Philipine... Khẩu hiệu độc lập chỉ là cách biện hộ cho sự chiếm đóng của Đế quốc Nhật Bản tại Đông Á, trong đó các chính quyền bản xứ phải vận động người dân và nền kinh tế trong nước phục vụ cho lợi ích của Đế quốc Nhật Bản. Các chính quyền này trên danh nghĩa được độc lập song thực tế không có nhiều quyền lực, hầu hết các chính sách quan trọng đều do lực lượng quân quản Nhật quyết định[18].